人类曾在遥远的过去与怪兽战斗。如今是宿有怪兽之魂的少女们在地球上诞生的时代。成为GIRLS成员的阿基拉、米克拉斯、乌英达姆稳步成长，每天过着充实的生活。然而有一天，新品种的“影子”引起了麻烦……
幕末时期，地球人与外星人共处的大江户歌舞伎町，银时、新八、神乐接受了酒店店长的委托，接待一位幕府中的大人物。这位大人物竟然是征夷大将军。将军也被迫卷入一场阴谋中，全江户开始动荡不安。万事屋与阿银也迎来最大的危机。
