人类与怪兽的长期战斗结束后，和平到来了，能变身为怪兽的少女“怪兽娘”应运而生，聚集在她们结成的特别组织“GIRLS”中，保护人类社会的重任就落在了这一群可怜又可爱的怪兽娘的身上。
为了保护自己的结拜兄弟锦山以及心爱的女人由美，于是自愿顶替锦山并扛下杀了自己组内老大的罪名，然后服刑十年后回到神室町的主角“桐生一马”与为了找寻母亲的神秘少女相遇。这个女孩的名字叫做“遥”，同时她的手中掌握了一笔与东京第一大帮派‧东城会有关而行踪不明的一百亿元下落的关键资料，于是各方势力为了这笔钱都因此盯上了这名少女。为了守护遥而战的桐生，也在战斗中开始找寻何谓“人活着的意义”
